مطالعات ژنتیکی نشان می دهد که نزدیک ترین خویشاوند ژنتیکی لاکپشتهای گالاپاگوس، لاکپشت چاکو است که در آرژانتین و پاراگوئه پراکندگی دارد و در حدود ۵ میلیون سال پیش از هم جدا شدهاند.
با وجودی که لاکپشتهای خشکیزی شناگران خوبی نیستند، اما از آنجا که روی آب شناور میمانند و می توانند ماه ها بدون غذا زنده بمانند، احتمالاً مادهای که حامل تخم بوده یا جفت لاکپشت در دریا افتاده و در جریان دریایی آب سرد هامبولت گیر افتادهاند و آب آنها را چند ماه بعد به اولین جزایر آتشفشانی سر برآورده از دریا که جزیره سانتاکروز یا اسپانیولا بوده رسانده است و به این شکل این این گونه توانستهاند بقاء پیدا کنند.